L’isolement dans lequel le désastre maritime d’Aboukir avait laissé l’armée d’Orient ne prit pas au dépourvu son commandant en chef. S’étant dissipé l’espoir de voir venir de France de rapides renforts afin de combler les vides créés par les premiers combats sur le sol égyptien, Bonaparte sut tirer parti de ce que les circonstances et les ressources du pays lui offraient. Sur la route de l’Égypte, il s’était emparé de l’île de Malte : déjà une légion maltaise naissait des volontaires qui avaient suivi l’armée française. Installé au Caire, Bonaparte organisera des unités combattantes à l’aide d’éléments pacifiés et ralliés, tels l’escadron de Mamelucks, la compagnie de Janissaires, la compagnie égyptienne des guides à pied, les trois compagnies grecques… L’ordre sera assuré au Caire par dix compagnies de garde nationale, celles-ci véritable salmigondis de tout ce qu’une armée traîne à sa suite, sans aucun souci d’origine qui soit. Les rescapés de la bataille navale furent, de leur côté, regroupés en une légion nautique, dont l’usage que l’on en fit correspondait passablement à leur vocation première : ils échangèrent leurs navires détruits pour des embarcations fluviales et… de solides paires de brodequins.
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